Isómeros de función: estos isómeros se distinguen por presentar grupos funcionales diferentes. Los isómeros se presentan entre compuestos diferentes tales como: dienos y alquinos, aquenos y cicloalcanos, aldehídos y cetonas, alcoholes y éteres, ácidos y ésteres, entre otros.

Isómeros Espaciales:
Isómeros geométricos: en un compuesto orgánico la rotación alrededor de un enlace simple carbono-carbono es libre, esto permite que los átomos de dicho compuesto tomen posiciones relativas formando las denominadas conformaciones.

La diferencia energética para alcanzar una configuración u otra es muy pequeña apenas de 6 a 6 Kcal/mol, esto hace imposible asilar las diferentes conformaciones de los compuestos que presentan enlaces simples.

Cuando se trata de compuestos con doble enlace carbono-carbono, la rotación está restringida por la cantidad de energía. El doble enlace es rígido y sólo puede producirse si el doble enlace se rompe, para lo cual es necesario alrededor de 70 Kcal/mol.

Los isómeros geométricos contienen los mismos rasgos estructurales, los mismos grupos atómicos, los mismos ángulos de enlace y están unidos a las mismas posiciones en anillos idénticos o estructuras de cadenas idénticas, solo se diferencia en alguno de los grupos en el espacio, por lo que se les llama estereoisómeros.

Configuración CIS: esta configuración se presenta cuando grupos idénticos (hidrógenos, halógenos, etc.) aparecen en un mismo lado del plano que pasa por los dos carbonos por el doble enlace y es perpendicular al plano de la molécula.

Isómeros Ópticos: Los isómeros ópticos son sustancias que física y químicamente son iguales, su diferencia se encuentra en que desvían un rayo de luz polarizada en distinto sentido. Si la desvían en el sentido de las agujas del reloj (hacia la derecha) se denomina compuesto dextrógiro y se representa con el signo (+), si lo hacen en sentido contrario (hacia la izquierda) se denomina compuesto levógiro (-).

La luz sin polarizar vibra en muchas direcciones que se resuelven en planos perpendiculares entre si.

Para polarizar la luz se usa un prisma de Nicol que consiste en dos cristales de calcita (CaCO₃) unidos por bálsamo de Canadá. Cuando la luz atraviesa el prisma se divide en dos rayos: uno ordinario que vibra en el plano del papel y que es reflejado totalmente por la capa del bálsamo de Canadá y otro extraordinario que emerge del prisma y vibra en planos paralelos (en un solo plano). Este último es el rayo de luz polarizada y es el que se hace incidir sobre la sustancia cuya desviación óptica se quiere medir y para lo cual se utiliza el polarímetro.

El polarímetro consta de dos prismas de Nicol, uno llamado polarizador y el otro llamado analizador, éste último puede ser girado y presenta una escala graduada que permite medir en grados el signo y la amplitud de la desviación que experimenta el rayo de luz polarizada. El número de grados el signo y la amplitud de la desviación que experimenta el rayo de luz polarizada. El número de grados de la rotación depende de la naturaleza de la sustancia disuelta, de la distancia (longitud del recorrido) que recorre la luz a través de la solución y de la concentración de la solución.

El poder óptico rotatorio de una sustancia viene dado por la falta de simetría de sus moléculas debido, generalmente, a la existencia de un carbono asimétrico.